وسيناقش البشير مع نظيره الجنوبي "سلفا كير" إتفاقات نفطية وأمنية والتجارة عبر الحدود، وايضا النزاعات الباقية على مناطق بما في ذلك منطقة "أبيي".
وكان الرئيس السوداني خطط للسفر الى جوبا قبل عام، لكنه ألغى الزيارة بعد تفجر اشتباكات على الحدود كادت أن تتطور الى حرب شاملة.
يذكر ان انفصال الجنوب جرى بعد استفتاء عام اجري بتاريخ 9 يناير / كانون الثاني 2011 أدلى فيه سكان جنوب السودان بأصواتهم، واقترعوا بنسبة كبيرة لصالح الانفصال.
وفي 9 يوليو / تموز عام 2011 أنزل علم جمهورية السودان من مدينة جوبا، عاصمة الجنوب ورفع علم ما يعرف بالحركة الشعبية لتحرير السودان - الذي اختير ليكون علم الدولة الجديدة- وتم اعلان تشكيل دولة جنوب السودان.