وقد أثارت بعض بنود الدستور جدلا وردود فعل حادة واعتراضات شديدة من قوى سياسية هددت بعضها بإطلاق حملة للتصويت بلا على الدستور في الاستفتاء، وأبرز البنود المثيرة للجدل في الدستور الجديد أنه:
- يحظر قيام أي حزب على أساس ديني، رغم أن لجنة الخمسين اقرت مادة تنص على أن الشريعة الإسلامية هي المصدر الرئيس للتشريع.
- يوسع الامتيازات الكبيرة الممنوحة بالفعل للجيش حيث يقضي بضرورة موافقة المجلس الأعلى للقوات المسلحة على اختيار وزير الدفاع لشغل المنصب لمدة ثمانية اعوام بدءا من إقرار الدستور. ولا تشير المسودة الى كيفية عزل وزير الدفاع او من الذي يملك سلطة عزله.
- يسمح للجيش بمحاكمة المدنيين امام محاكم عسكرية، وهو بند كان موجودا في الدساتير السابقة ويعارضه بشدة الناشطون المدافعون عن الديمقراطية، لكن مسودة الدستور الجديد تحدد الجرائم التي يمكن ان يحاكم بمقتضاها المدني امام المحاكم العسكرية.
وكانت خارطة الطريق التي تم كشف النقاب عنها لدى عزل الجيش الرئيس محمد مرسي في يوليو/ تموز الماضي قد قالت انه يتعين اجراء الانتخابات البرلمانية قبل انتخابات الرئاسة.
ولكن المسودة التي اقرتها لجنة الخمسين لتعديل الدستور يوم الاحد تتفادي قول اي الانتخابات يجب اجراؤها اولا، تاركة هذا القرار للرئيس المؤقت عدلي منصور.
وتقول المسودة ايضا انه يجب بدء "الاجراءات الانتخابية" في غضون ستة اشهر من العمل بالدستور، مما يعني ان مصر قد لا يكون فيها رئيس أو برلمان منتخب قبل النصف الثاني من العام المقبل.
ومن بين المعالم الرئيسة في خارطة الطريق السياسية المصرية ضرورة الموافقة على الدستور في استفتاء من المتوقع اجراؤه هذا الشهر او الشهر المقبل. وقال عمرو موسى رئيس لجنة الخمسين انه سيتم تسليم مسودة الدستور لمنصور يوم الثلاثاء.
وقد يؤدي الدستور الجديد الى حظر تام للاحزاب الدينية ويعزز القبضة السياسية للمؤسسة العسكرية القوية بالفعل.
وتوسع مسودة الدستور الامتيازات الكبيرة بالفعل التي يحظى بها الجيش باشتراط موافقة المجلس الاعلى للقوات المسلحة على اختيار وزير الدفاع خلال فترتين رئاسيتين كاملتين من وقت التصديق على الدستور.
وقد اصيب واعتقل عشرات المتظاهرين من انصار الرئيس المصري المعزول محمد مرسي خلال تظاهرات تم تنظيمها احتجاجا على قانون التظاهر وعلى الدستور الجديدين.
وأطلقت قوات الأمن قنابل الغاز المسيل للدموع على المتظاهرين الذين خرجوا في مسيرات بالعاصمة القاهرة استجابة لدعوة التحالف الوطني لدعم الشرعية ورفض الانقلاب.
وتعهدت جماعة الإخوان المسلمين، بالاستمرار في الاحتجاجات رغم صدور قانون التظاهر الجديد الذي قال حقوقيون إنه يضع قيودا على الحق في التجمع السلمي.