وجاء في بيان النعي الآتي:
"بسم الله الرحمن الرحيم
يا أيتها النفس المطمئنة ارجعي إلى ربك راضية مرضية فادخلي في عبادي وادخلي جنتي
صدق الله العلي العظيم
ينعى المجلس الإسلامي الشيعي الأعلى إلى اللبنانيين والمسلمين وفاة فقيد العلم سماحة العلامة السيد جعفر مرتضى عن عمر شريف قضى معظمه في خدمة الدين الحنيف ونشر تعاليمه وحفظ تراثه وتبليغ احكامه؛ فكان الراحل الكبير مثال العالم الفذ الذي أغنى المكتبة الإسلامية والعربية بأبحاثه ومؤلفاته التي اتسمت بالرصانة والموضوعية واشتملت عناوين معرفية متنوعة. ولقد خسرت الحوزات والمراكز الدينية برحيله استاذا فقيها وباحثا رصينا وعلما كبيرا ترك انصع البصمات في مسيرته العلمية.
يشيع جثمان الراحل عند الساعة العاشرة من صباح الاحد من مجمع الامام الكاظم (ع) - حي ماضي؛ ويوارى في ثرى بلدة عيتا الجبل عند الساعة الثالثة والنصف من عصر الاحد.
انا لله وانا اليه راجعون".